Фонды отдела включают в себя книги, журналы, продолжающиеся издания, газеты, авторефераты, карты, издания на микроформах общим объемом около 4 млн. экземпляров и являются основной частью действующих фондов Библиотеки. Размещены на 4 подземных этажах, занимают площадь около 8 тыс. кв. м (59 тыс. метрополок), организованы по уровням использования и языковому принципу.

Отдел состоит из пяти секторов:

– новых поступлений отечественной литературы,
– депозитарного хранения иностранной литературы,
– депозитарного хранения отечественной литературы,
– топографических каталогов,
– научного формирования фондов.

Краткая историческая справка

Согласно Постановлению Совета Министров СССР об организации при Сибирском отделении Академии наук СССР на базе ГНБ Министерства высшего образования ГПНТБ СО АН СССР в 1958–1962 гг. осуществлялось перебазирование в г. Новосибирск третьих экземпляров книг, журналов, авторефератов и другой печатной продукции этой библиотеки – в общей сложности 3, 2 млн. экземпляров (более 500 контейнеров!). Одновременно разрабатывалась система организации фондов библиотеки.
1962 г. считается годом рождения отдела (до 1995 г. – отдел книгохранения, затем – центр комплексного обслуживания (ЦКО): хранение фонда, сейчас – отдел хранения фондов). Основное рабочее место отдела в то время находилось в двухэтажном гараже Академгородка, «филиалом» служила котельная в одном из микрорайонов. Кроме того, фонды размещались в подвале института неорганической химии, столовой военного городка, в гараже на ул. Советской, 20. Ежедневно два раза в день отправлялся мотороллер «по кругу» с требованиями читателей и книгами.
1965–1966 гг. – период второго перебазирования фондов, теперь уже в новое здание библиотеки на улице Восход, 15. «Костяком» отдела в разные годы стали В. Н. Кузнецов, А. И. Логинова, Р. С. Сметанина, М. Г.Салошенко, И. И. Мосунова, Н. М. Галушкина, Ж. Ф. Камалетдинова, С. В. Иванова, В. В. Асеева, Г. И. Каратаева, Г. А. Шальнева, Г. С. Шибаева …
В 1975 г. на основании Постановления Совета Министров РСФСР и приказа Министерства культуры РСФСР ГПНТБ СО АН СССР утверждается в качестве библиотеки-депозитария Западно-Сибирской зоны и многоотраслевого регионального депозитария для Сибири и Дальнего Востока. На выбор ГПНТБ СО АН – ведомственной библиотеки – повлиял ряд факторов: в ее основу легли фонды ГНБ, имевшие хорошо сформированные разделы научно-технической и естественно-научной литературы, а также Восточно-Сибирского и Западно-Сибирского отделений АН; с 1958 г. Библиотека получала бесплатный обязательный экземпляр литературы. Немаловажную роль сыграло также наличие просторного и, по тем временам, современно оборудованного книгохранилища.
Со времени внедрения системы депозитарного хранения библиотечных фондов фонд ГПНТБ СО РАН пополнился примерно 60 тыс. экз., среди которых есть уникальные издания – собрание сочинений Екатерины Великой, труды видных историков, государственных и общественных деятелей: С. Ю. Витте, Ю. Ф. Самарина и др., литература о Сибири, различных ремеслах, отечественные и иностранные журналы и продолжающиеся издания и т. д.
На базе отдела функционирует консультационный пункт по депозитарному хранению библиотечных фондов, который предлагает специалистам, занимающимся формированием библиотечных фондов, помощь по следующим вопросам: вторичный отбор изданий из фондов библиотек всех уровней и оформлению документов на их исключение и перераспределение, разработка инструктивных материалов по организации, хранению и перераспределению библиотечных фондов.
Ведущие специалисты отдела принимали и принимают участие во всех исследованиях закономерностей формирования и использования фондов, проводившихся и проводимых библиотекой самостоятельно, либо совместно с крупнейшими библиотеками страны и региона. Среди них: «Закономерности формирования фондов научных библиотек» (1971–1976 гг.), «Рациональное размещение и использование библиотечно-библиографических ресурсов в стране» (1981–1985 гг.), «Разработка принципов, форм, методов формирования фондов и оптимизация их использования» (1991–1995 гг.), «Библиотечная деятельность в регионе контексте теории устойчивого развития» (1996–2000гг.), «Ресурсный потенциал информационно-библиотечной среды федерального округа» (тема «Совершенствование системы информационного обеспечения НИУ СО РАН», подтема «Формирование фонда основного хранения ГПНТБ СО РАН в части изданий внутривузовской литературы: принципы отбора и сроки хранения в координации с вузовскими библиотеками» 2001–2005гг.), «Национальная программа сохранения библиотечных фондов Российской Федерации», утвержденная приказом министра культуры № 540 от 13 сентября 2000 г., «Информационно-библиотечные ресурсы и развитие научно-образовательного и культурного комплекса территории» (2007–2009 гг.) и «Библиотеки региона в системе социокультурных и научных коммуникаций» (2010–2012 гг.).
В ходе исследований ведется разработка принципов, форм и методов формирования депозитарных фондов, осуществляется оптимизация их использования и перераспределения. Наиболее весомым практическим достижением последних лет можно признать рационализацию процессов распределения и перераспределения изданий в Библиотеке на основе разработанных формальных принципов.
Специалисты подразделения разработали ряд документов внутрисистемного и внутрибиблиотечного характера (таких, к примеру, как Положение о распределенном резервно-страховом фонде изданий НИИ СО РАН в ЦБС СО РАН или Организационно-технологическая документация ГПНТБ СО РАН. Хранение фондов), принимали активное участие в разработке проектов общероссийских документов, таких, как: Положение о библиотечно-информационном фонде Российской Федерации, Положение о депонировании документов библиотечно-информационного фонда Российской Федерации, Положение о перераспределении документов библиотечно-информационного фонда Российской Федерации. Кроме того, что ведущие специалисты отдела участвуют в работе всех библиотечных советов и комиссий, различных профессиональных объединений.

Преимущественную долю коллектива составляет молодежь. Но есть и ветераны – Ж. Ф. Камалетдинова, Г. С. Шибаева, Т. И. Карасева, которые являются «золотым фондом» отдела.

Отдел решает следующие задачи:
– научно обоснованное формирование и организация фондов долговременного и депозитарного хранения;
– оперативное удовлетворение информационных запросов читателей и абонентов библиотеки;
– обеспечение сохранности фондов и топокаталога;
– методическое руководство деятельностью библиотек-депозитариев региона по организации депозитарного хранения библиотечных фондов, перераспределению малоиспользуемой литературы (на базе отдела функционирует консультационный пункт);
– методическое руководство и помощь подразделениям ГПНТБ СО РАН и библиотекам учреждений Российской академии наук Сибирского отделения РАН в вопросах хранения и использования библиотечных фондов;
– исключение литературы согласно действующей в библиотеке инструктивно-методической документации;
– ведение научно-исследовательской работы по вопросам формирования, организации, хранения и использования библиотечных фондов.
Ведущие специалисты отдела принимали и принимают участие практически во всех исследованиях по изучению закономерностей формирования и использования фондов, проводившихся и проводимых библиотекой самостоятельно, либо совместно с крупнейшими библиотеками страны и региона. Среди них: «Закономерности формирования фондов научных библиотек» (1971–1976 гг.), «Рациональное размещение и использование библиотечно-библиографических ресурсов в стране» (1981–1985 гг.), «Разработка принципов, форм, методов формирования фондов и оптимизация их использования» (1991–1995 гг.), «Библиотечная деятельность в регионе контексте теории устойчивого развития» (1996–2000 гг.), «Ресурсный потенциал информационно-библиотечной среды федерального округа» (тема «Совершенствование системы информационного обеспечения НИУ СО РАН», подтема «Формирование фонда основного хранения ГПНТБ СО РАН в части изданий внутривузовской литературы: принципы отбора и сроки хранения в координации с вузовскими библиотеками» 2001–2005 гг.), «Национальная программа сохранения библиотечных фондов Российской Федерации», утвержденная приказом министра культуры № 540 от 13 сентября 2000 г., «Информационно-библиотечные ресурсы и развитие научно-образовательного и культурного комплекса территории» (2007–2009 гг.) и «Библиотеки региона в системе социокультурных и научных коммуникаций» (2010–2012 гг.).