В 1735 году в районе современного г.Орска Экспедиция основала крепость Оренбург (на р.Урал, в устье р.Орь). В 1743 году Оренбург перенесен ниже по течению р.Урал на современное место. Город Оренбург входил в так называемую Оренбургскую линию - систему оборонительных сооружений на юго-восточной окраине Российской империи, которая была создана в 30-40-х годах XVIII века и включала участки (дистанции): Нижнеуральский, Самарский, Кизильский и др. Оренбургская линия заменила созданные в 1731-1736 гг. Закамские линии (между реками Самара и Кама).
В 1744 году в связи с созданием Оренбургской губернии Оренбургская экспедиция прекратила существование.