Монастырь являлся крупным землевладельцем. В XV-XVII веках вел обширную
торговлю, особенно солью и рыбой. В конце XV - начале XVI веков был обним из
центров религиозно-политического течения нестяжателей.
В 1612-1613 годах выдержал осаду и отбил (до 1616г.) несколько нападений
войск польских и литовских воевод.
В XV-XVII веках служил местом заточения лиц из светской и религиозной знати [ князь, глава нестяжателей Вассиан Патрикеев Косой (до 1545+), бояре М.И.Воротынский (ок.1510-1573+), И.Шуйский, Б.И.Морозов (1590-1661+), номинальный правитель Русского государства в 1575-1576 годах, касимовский князь Симеон Бекбулатович (1616+), патриарх Никон (1605-1681+) и др. ].
Архитектурный комплекс монастыря включает ансамбли бывших Успенского и
Ивановского монастырей ("Старый город"), крепостные сооружения «Нового города»
(1653-1682гг.) и территорию несохранившейся крепости Острог между ними.
Монастырь окружен крепостными стенами (XVIв.) с монументальными башнями,
украшенными узорами из кирпича.
Основные здания -
Успенский собор (1497-1498г., Прохор Ростовский),
церковь Введения (1519г., с одностолпной трапезной палатой),
Надвратная церковь (1523г., со "Святыми воротами"),
церковь Архангела Гавриила (1531-1534г.),
Большие больничные палаты (конец XVI — начало XVIIвв.), а также ряд построек XVII-XVIII веков.
С 1924г. музей-заповедник. На территорию музея перевезены памятники деревянной архитектуры из окрестностей [ церковь Ризположения (1486г.) из с. Бородавы, мельница из д.Шелково (XIXв.) и др.]. Филиалом музея является бывший Ферапонтов монастырь в с.Ферапонтово Кирилловского района.
Подъяпольский С.С. Путеводитель по архитектурным памятникам
о Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей Вологда, 1966.