В XVI веке значительный культурный центр. В 1798г. упразднен, восстановлен в 1903 году как женский монастырь. Закрыт после 1917 года, с 1924г. музей, ныне филиал Кирилло-Белозерского историко-архитектурного и художественного музея-заповедника. Часть зданий Ферапонтова монастыря передана Русской православной церкви.
Архитектурный ансамбль XV - XVII веков. В соборе Рождества богородицы (1490г.) — росписи Дионисия и его сыновей (1502-1503гг.)
Подъяпольский С.С. Путеводитель по архитектурным памятникам
о Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей Вологда, 1966.